안녕하세요. Output 스타일 내의 Numbering 방식 지정이 잘못된 것으로 보입니다.
1. Endnote Program> Edit> Output Styles> Edit "해당 스타일"을 선택하시면 스타일을 수정하실 수 있습니다.

2. Output Style 수정 창이 열리면 'Citations> Numbering'을 선택합니다.
3. Grouped References에서 'Use one number for references cited together'가 선택되어 있다면 체크를 해제합니다.
※ Endnote에서 제공한 Output Style이라도 오류가 있을 수 있으니, 출판사 투고 규정을 반드시 잘 살펴보시기 바랍니다.